Es una de las principales actividades a nivel municipal y se dedica a ella el 70% de la comunidad, cultivando principalmente los granos básicos, maíz y fríjol, en tierras de temporal y de riego obteniendo un rendimiento de 1,200 kilogramos de maíz por hectárea y 600 kilogramos de fríjol; es de resaltar que un porcentaje similar también se dedica al cultivo de alfalfa para la obtención de forraje, cosechando 80,000 kg /ha. La producción de fríjol y maíz se destina básicamente al autoconsumo y en ocasiones se comercializan los excedentes en los mercados locales y regionales.

Aunque la producción de básicos se considera regular la rentabilidad económica es baja o nula, ya que el uso de semillas criollas limita subir los rendimientos, por lo que se considera necesario la adopción de un paquete tecnológico apropiado, así como de subsidios para producir estos granos básicos.

1. Maíz. Este cultivo es el de mayor importancia socioeconómica, por el aporte que realiza a la subsistencia familiar y para la obtención de forraje seco para alimentar el ganado, almacenándose en hornos forrajeros, posteriormente es proporcionado a la dieta alimenticia del ganado lechero. La producción se realiza principalmente en tierras de temporal. Para el cultivo, se utiliza maquinaria en el barbecho y rastreo, actividades que se realizan en las primeras lluvias para posteriormente llevar a cabo la siembra que se realiza con sembradoras mecánicas, el período de siembra abarca del mes de mayo a julio y la semilla utilizada es criolla y en una menor proporción se utilizan maíces híbridos mejorados. Las políticas agrícolas que repercuten en el ámbito rural y que mejoran la economía familiar campesina son el PROCAMPO y la entrega de diesel subsidiado para maquinaria agrícola.
2. Alfalfa. Es otro de los cultivos de relevancia en el municipio y su producción es utilizada para la alimentación del ganado, ya sea en forraje verde o deshidratado, dando por resultado mejores rendimientos en la producción de leche; la cosecha anual de este forraje alcanza las 80 toneladas por hectárea u 800 pacas de forraje deshidratado, además de servir como alimento del hato familiar los excedentes se realizan en el mercado vendiendo la paca a un precio promedio de $50.00 en el mercado regional.
3. Tomate: la actividad de los tomateros de la región se remonta a un histórico de actuación de 9 años atrás en donde este cultivo paso de ser cultivado de cielo abierto a producción controlada en invernadero, para lo cual se ha incluso desarrollado ya el paquete tecnológico de cultivo y cosecha y se está en el de la mejora en las habilidades de comercialización. Se cuenta en el municipio con agro empresarios dedicados a este cultivo y así mismo se ha creado una empresa integradora con el objetivo de organizar mayor cantidad de producción.

La ganadería constituye una actividad complementaria para la economía de muchas familias del municipio, representa una fuente de alimentos  para el autoconsumo y de ingresos adicionales, contando además con una caja de ahorro de la cual se hace uso en períodos y momentos de emergencia económica.

Los resultados de los talleres de planeación participativa muestran que aproximadamente el 60% de las familias cuentan con pequeños hatos de bovinos para la producción de leche (cuatro cabezas), las cuales producen en promedio 14 litros de leche por día, son en su mayoría de la raza Holstein. La calidad del ganado con el tiempo se ha ido mejorando mediante el método de inseminación artificial y con las montas directas de sementales de calidad que se han adquirido con recursos de diferentes programas gubernamentales.

En cuanto a la producción de leche, la Villa de San Pablo Huixtepec es una de las más productivas en el valle de Oaxaca, produciendo un poco más de 10,000 litros al día, producto que una parte se comercializa a través de intermediarios en la ciudad de Oaxaca, pero otra se realiza directamente por los integrantes de una Sociedad de Producción Rural que vende la leche en el municipio de Etla. Por otro lado, tenemos que el 18% de productores cuenta entre sus activos ganaderos a rebaños de ovinos y/o caprinos de 5 – 10cabezas para carne, 30% tienen cerdos de 2 - 4 cabezas en promedio  y 70% bajo sistema de traspatio gallinas, guajolotes y pollos, en parvadas de 10 a 20 aves.

En la mayoría de los casos el nivel tecnológico aplicado es bajo, salvo algunas excepciones los bovinos y ovicaprinos se desarrollan mediante el sistema de  semiestabulación;  la alimentación se basa en  el consumo de alfalfa, concentrado y forraje de maíz que conservan en  hornos forrajeros; no cuentan con infraestructura especial y el manejo sanitario y reproductivo es mínimo. Para la reproducción de las otras especies la situación es similar, se conservan en el traspatio de las casas, predominan las razas criollas, no se dispone de infraestructura y su manejo sanitario y reproductivo es casi nulo, sólo se acude al veterinario cuando se encuentra en riesgo la vida de algún animal.

Algunas personas cuentan con rebaños de caprinos que se pastorean de manera extensiva en los agostaderos y cabeceras de los predios donde están establecidos los cultivos de alfalfa de las unidades de riego, motivo por el cual se encuentra muy deteriorada su cubierta vegetal.

En términos generales, la productividad en la actividad ganadera bovina es considerada como buena y una actividad complementaria para los ingresos familiares, la cual es atendida por la mano de obra familiar disponible, incluyendo las mujeres y los niños.

Los apoyos de financiamiento, asistencia técnica y capacitación, así como para la  industrialización de la leche, han sido limitados o escasos, a esto se le suma la falta de organización de quienes se dedican a esta actividad, lo que limita la gestión institucional para integrar la cadena productiva.

Es de resaltar que dentro de las limitadas acciones institucionales en el sector ganadero en este municipio, se cuentan algunos apoyos aislados a través del Programa Alianza para el Campo y del Programa de Sanidad Animal implementado por la SAGARPA-SEDER, el cual sirve para inspeccionar el ganado que movilizan para venta y sacrificio los baratillos de Zaachila, Zimatlan y Ocotlán, a los que concurren gran cantidad de personas de los valles centrales de Oaxaca a vender sus animales para abasto y a comprar crías para continuar con su actividad.

En cuanto a la comercialización los baratillos representan el canal más importante de comercialización de animales en pie para los ganaderos del municipio. Se estima que el 80% de las familias de San Pablo Huixtepec venden sus animales en estos lugares, otro 20% de los productores los realizan con personas que se dedican a la matanza; sin embargo, los precios de venta a los que se comercializa el ganado en pie son bajos al no proporcionarle valor agregado y a la calidad sanitaria de la carne que no es la deseable por el consumidor final. Esta situación ha obligado a los productores a reflexionar sobre la necesidad de establecer una planta pasteurizadora para la producción de leche, crema y de queso, y de la instalación de un rastro frigorífico para la obtención de carne en canal de mejor calidad.